Bolaget hade inga egna flyglinjer utan valde att nischa sig med Ad-hoc charter, Wet Lease, ACMI-flygningar samt charterflygningar för konferenser, incentivegrupper m.m.

Bolaget gjorde en del specialflygningar och flög dessutom för Blue 1, Air France, Nordic Airways, Sterling, Fly Nordic, Norwegian, SAS Sverige, Air Baltic och Martinair m.fl. Huvudkontoret fanns i Upplands Väsby och Fly Excellent hade Stockholm Arlanda Flygplats som hemmabas.

Efter att Fly Excellent AB sålts till Conny Lantz försattes bolaget i konkurs den 14 april 2009. De båda MD-83orna avregistrerades från det svenska flygplansregistret i nov/dec 2008.