De ursprungliga sträckorna var Jönköping-Vaggeryd, Nässjö-Vaggeryd-Värnamo-Halmstad och Nässjö-Hultsfred-Oskarshamn. I takt med att antal fjärrtåg som stannade i Sävsjö minskade började man sätta in krösatåg även på Södra stambanan mellan Nässjö-Sävsjö-Alvesta. När fjärrtågen ånyo började stanna i Sävsjö förblev dock krösatågslinjen kvar eftersom den var så välutnyttjad. Krösatågen tog också upp trafiken på sträckorna Nässjö-Jönköping samt Nässjö-Vetlanda. Mellan Nässjö-Jönköping körs både Krösatåg och Vättertåg, de senare är SJ-tåg. Från 2005 körs Krösatågen av Y32-tåg och Y1-tåg och sträckorna har utökats markant. Jönköpings länstrafik äger dem och Merresor kör tågen (2005-2010).

Trafiken sker på uppdrag av länstrafikbolagen, med statlig medverkan från Rikstrafiken. Krösatågen går framför allt i Jönköpings län, och delvis in i angränsande län. Biljetterna följer länstrafikbolagens system i första hand, men även SJ säljer biljetter. Tågsystemet kallas av länstrafikbolagen och Rikstrafiken för ”Tåg i Småland och Halland”, dock endast i formella sammanhang såsom kontrakt med operatörer. Krösatågen är namnet mot resenärerna. Vissa andra tåg i Småland, Vättertågen (Nässjö-Falköping), Kust till Kust-tågen (Göteborg-Kalmar) och Stångådalsbanan (Kalmar-Linköping) är Rikstrafikens ansvar och inte länstrafikbolagen, och till dem säljer SJ biljetter.

Förr kallades tågen som gick från Blekinge upp i Småland för krösatåg, krösor betyder lingon och man åkte dessa tåg för att plocka lingon i Småland.